Sorto nell'isola di S. Pantaleo – antica Mozia – nel golfo dello Stagnone, per iniziativa del produttore del marsala Joseph Whitaker, di origini inglesi ma nato e cresciuto a Palermo, il museo nel 1975 passò sotto il patrocinio dell'Accademia dei Lincei. All'interno dell'ottocentesca villa è stato mantenuto lo stesso arredo di inizio Novecento voluto dal fondatore. L'originaria collezione Whitaker, composta da materiali provenienti da Mozia e dalla vicina necropoli di Birgi, risulta arricchita, oltre che dagli innumerevoli reperti che testimoniano la presenza della civiltà fenicio-punica, da numerose stelai figurate e soprattutto dal celeberrimo Auriga di Mozia di ignoto autore greco della prima metà del V secolo a.C., rinvenuto nell'isola nel 1979. Sono in mostra anche i reperti degli scavi moderni provenienti dall'antico abitato di Mozia, dal santuario di Cappiddazzu, dalle zone industriali, dalle necropoli di Mozia e di Birgi e i materiali del tophet