Il nucleo centrale del museo, ospitato nel quattrocentesco complesso di S. Domenico, è rappresentato dai mammiferi fossili di Collecurti e Cesi: elefanti, ippopotami, rinoceronti e altri animali. Accanto ai reperti, sistemati in nuove vetrine di moderna concezione, sono disponibili approfondimenti multimediali e ricostruzioni di scavo, recupero e restauro, con cenni alle metodologie utilizzate. Nelle altre sale vengono presentate: una collezione etnoantropologica raccolta presso gli Indi Yanoáma dell’Amazzonia, la collezione di coleotteri Battoni, collezioni zoologiche e reperti provenienti dalle piccole realtà culturali della zona. Notevole anche lo spazio dedicato all’interattività: postazioni multimediali permettono al pubblico di approfondire in maniera autonoma i concetti trattati nei pannelli espositivi che accompagnano i reperti, mentre innovative pareti animate, dedicate alle vette dei Sibillini e all’ambiente di grotta, rappresentano uno stimolo per i visitatori più piccoli