Il museo, con sede presso il trecentesco oratorio del Crocifisso, raccoglie opere d’arte provenienti da chiese del territorio comunale, in molti casi non più utilizzate. Tra le opere pittoriche compaiono: una Madonna con Bambino, tavola lignea dalla chiesa di S. Lorenzo a Cappiano del Maestro di Barberino (documentato dal 1358 al 1369); una Madonna col Bambino e santi della scuola di Domenico Ghirlandaio (fine XV secolo) proveniente dalla chiesa di S. Quirico a Montelfi; una Madonna in trono col Bambino e i Ss. Domenico, Lorenzo, Giovanni Battista e Lucia di Sebastiano Mainardi (San Gimignano 1460 circa-Firenze 1513); una tela di Orazio Fidani (Firenze 1606-1656), S. Michele pesa le anime, reperita nella sagrestia dello stesso oratorio del Crocifisso. Recentemente nel museo è stato collocato un prezioso cappuccio di piviale, fine XV-inizio XVI secolo, ricamo di manifattura spagnola ma probabilmente su disegno di un artista fiorentino. Il museo accoglie circa 100 opere fra le quali compaiono anche le più tradizionali produzioni delle manifatture toscane del XVI-XVII secolo, reliquiari in legno intagliato e dorato, calici, pissidi, ostensori e turiboli, carteglorie, ricche pianete del XVII e XVIII secolo, 13 quadri votivi di varie grandezze rappresentanti soggetti alludenti al miracolo compiuto dal SS. Crocifisso e perfino rosari e anellini donati come ex voto. È inoltre custodito un piccolo organo positivo con sportelli del XVIII secolo