Presso il gabinetto di Storia naturale del liceo Machiavelli sono esposte importanti collezioni mineralogiche, paleontologiche, malacologiche, e la collezione ornitologica che costituisce un significativo documento dell'avifauna lucchese dell'Ottocento. Tutte le collezioni testimoniano l'attività scientifica svolta in questa struttura nel XIX secolo. Il liceo Machiavelli ospita anche una collezione di antichi strumenti scientifici