La villa prende nome dalla beata Beatrice d'Este, nata nel 1191, vissuta alla corte degli Estensi e ritiratasi nel monastero fondato in questi luoghi nell'XI secolo. Alla visita del complesso monumentale, dal Seicento adibito a residenza nobiliare con magnifico parco, si aggiunge l'interesse per la sezione naturalistica del Sistema museale della provincia di Padova, con sale sull'ambiente dei colli Euganei, la vegetazione e la fauna locale, corredate da pannelli esplicativi che valorizzano la funzione didattica dell'esposizione. Interessante anche una saletta micologica con un grande diorama