Il museo ha sede nel castello costruito tra il 1483 e il 1486 per il cardinale Giuliano della Rovere, futuro papa Giulio II, su progetto di Baccio Pontelli. In alcune sale della fortezza, restaurata nel 1991, sono esposti pannelli didattici relativi alla storia e alla vita del castello nonché alle tecniche costruttive, oltre a una collezione di ceramiche medievali e rinascimentali relative a ritrovamenti effettuati nell'ambito del borgo e della rocca di Ostia.