Raccoglie preziosi materiali delle civiltà protostoriche della Daunia. La ceramica impressa e le selci dell'età neolitica documentano contatti tra questa zona e le isole Eolie; particolarmente interessanti i materiali da Coppa Nevigata: i più antichi risalgono al IV millennio a.C., ed eccezionali sono i frammenti di vasi micenei che attestano commerci con l'Oriente già nel II millennio a.C. Autentico 'tesoro' del museo sono le oltre 1500 stele daunie (VII-VI secolo a.C.), tra le più importanti collezioni di arte italica che il nostro Paese possa vantare, scoperte negli anni '60 del XX secolo e tutt'oggi oggetto di studi interpretativi da parte degli esperti. L'ipotesi più plausibile è che fossero segnacoli di tombe di ricchi personaggi.<br>Il museo ha sede nel castello, iniziato da Manfredi nel 1256 con mastio quadrilatero e quattro torri angolari, completato sotto i d'Angiò da Pierre d'Angicourt e munito nel '500, sul lato rivolto all'abitato, con un baluardo pentagonale, più adatto a resistere alle armi da fuoco. Sotto i Borbone il castello era adibito a carcere.