Nato nel 1996 come Centro di Documentazione ambientale con una piccola raccolta etnografica legata alla pesca e alla vita quotidiana, nel maggio 2002 è diventato il nuovo Centro Visite-Acquario della Laguna di Lesina. La struttura ospita un acquario delle specie ittiche lagunari, primo in Europa d'acqua salmastra. La sezione museale naturalistica approfondisce gli aspetti naturalistici che caratterizzano il territorio, primo tra tutti la laguna ma anche il bosco-isola e il mare con una raccolta di conchiglie e diorami marini. La sezione etnografica illustra la cultura materiale della comunità lesinese, i costumi e le tradizioni, l'attività della pesca, l'abbigliamento, la religione, il tipo di abitazione, le condizioni di vita; un diorama di flora e fauna lagunare ricostruisce un angolo della laguna. La sezione archeologico-paleontologica, dedicata all'isolotto sommerso di S. Clemente, è stata allestita presso la biblioteca a poca distanza dal centro visite. Infine, la sezione Orto botanico raccoglie un campionario di erbe officinali; il centro ha anche un museo etnografico "Casa del Pescatore" e un’aula multimediale