Il museo conserva, al piano inferiore, la collezione archeologica extraterritoriale acquisita dal Museo civico e raccolta dal geologo spezzino Capellini: reperti neolitici ed eneolitici; raccolta di statue stele; ritrovamenti delle età del Bronzo e del Ferro; reperti da necropoli e abitati particolari, noti come castellari e ritrovamenti dalle necropoli di Ameglia e Genicciola; sezione paleontologica. Il piano superiore è dedicato al periodo romano e medievale del territorio (materiali di provenienza lunense della collezione Fabbricotti, elementi architettonici, statue, ritratti e mosaici). Il museo ospita anche mostre temporanee