La raccolta museale è costituita da materiale proveniente dagli scavi compiuti al principio del Novecento nella vicina villa che Mecenate donò a Orazio tra il 33 e il 32 a.C. Rinnovato nel 1993 in occasione dei 2.000 anni dalla morte di Orazio, il museo espone parti di affreschi, piccole sculture di animali, mosaici, vasi, piccoli oggetti di terracotta, lucerne, chiavi, strumenti chirurgici, mattoni con marchi di fabbrica, tegoloni, frammenti architettonici e scultorei. La raccolta dovrebbe arricchirsi tra breve di nuovi materiali rinvenuti durante gli scavi dall'Accademia americana