Vi si accede dal cortile oltrepassata la porta del Rivellino. Nelle prime sale al pianterreno è allestita la Sezione archeologica, che espone reperti preromani e romani per lo più rinvenuti nei territori di Lomellina e di Oltrepò, oltre a oggetti provenienti da collezioni private (la raccolta egizia Malaspina). La cosiddetta Sala azzurra ha decorazioni a riquadri bianchi e blu alle pareti e volte affrescate in forma di cielo stellato, nel quale campeggiano le imprese di Galeazzo Maria Sforza. La sezione longobarda presenta oreficerie e due eccezionali plutei dell’VIII secolo dalla chiesa di S. Maria Teodote. Nella Sezione romanica e rinascimentale, il romanico pavese è rappresentato da una ricca collezione di bassorilievi e sculture; in particolare notevoli sono i reperti (fregi, capitelli, portali ricomposti, mosaici pavimentali) provenienti da chiese scomparse (S. Giovanni in Borgo, le cattedrali gemelle di S. Stefano e S. Maria del Popolo, S. Invenzio, S. Maria delle Stuoie). Il rinascimento è illustrato dall’affresco dell’Incoronazione della Vergine staccato dalla chiesa di S. Agata al Monte e dalla collezione di sculture dell’illustre scuola locale quattro-cinquecentesca dei Mantegazza (Pietà) e dell’Amadeo. Al primo piano, cui si sale per ampia scalinata, la Pinacoteca Malaspina conserva un ricco patrimonio di dipinti dal ’300 al secolo scorso, in ambienti che recano ampie tracce della decorazione affrescata trecentesca. Si segnalano una Madonna col Bambino, opera giovanile di Giovanni Bellini, e un’analoga tela del fiammingo Hugo van der Goes; un ritratto d’uomo di Antonello da Messina e i Ss. Giovanni Battista e Francesco di Alvise Vivarini; la cosiddetta Pala Bottigella di Vincenzo Foppa e il Cristo seguito dai Certosini del Bergognone; una Sacra Famiglia del Correggio e un Redentore di Cima da Conegliano. Una sala è riservata al modello ligneo del Duomo realizzato forse da Giovan Pietro Fugazza (fine del XV secolo). Ai maestri del Sei e del Settecento, per lo più lombardi e veneti (Procaccini, Cerano, Daniele Crespi, Luca Giordano), sono dedicate le altre sale, mentre con le opere neoclassiche di Andrea Appiani, Gaspare Landi, Felice Giani, quelle romantiche di Hayez (Accusa segreta), Piccio, Trécourt, Faruffini, Cremona, e con la scuola pavese rappresentata dall’Acerbi e dal Massacra si approda all’Ottocento. La collezione Morone offre un’interessante panoramica sulla pittura tra ’800 e ’900 (Zandomeneghi, Boldini, De Nittis, Giuseppe Pellizza, Segantini). Al secondo piano sono ordinate la sezione dei paesaggi Pavesi, la sezione di scultura moderna e gipsoteca e il Museo del Risorgimento, con una sala intera dedicata alla famiglia Cairoli.