Riallestite nel palazzo dove ebbe sede dal 1898 al 1948, le collezioni del museo comprendono preparati anatomici, disegni, fotografie, corpi di reato e produzioni artigianali artistiche, anche di pregio, realizzate da internati nei manicomi e da carcerati. Lombroso iniziò a raccogliere questi materiali intorno al 1859 e continuò a farlo per tutta la vita, con l’aiuto di allievi e ammiratori che in Italia e negli altri paesi europei, in America, Africa, Asia e Australia, si ispirarono alle sue teorie. Fu poi Mario Carrara, genero e successore di Lombroso, a proseguirne l’opera fino al 1932 quando venne espulso dall’Università per aver rifiutato di giurare fedeltà al fascismo. Il museo non è quindi una raccolta di strumenti di punizione, non è un museo dell’orrore; intende, invece, presentare il pensiero di uno scienziato fortemente interessato ai problemi della sua epoca e che fu guidato da una profonda curiosità verso il crimine e verso qualsiasi forma di devianza dalle norme della società borghese ottocentesca, una normalità intesa anche in senso positivo, nelle persone di genio artistico, scientifico o politico capaci di far progredire l’umanità. Il nuovo allestimento fornisce al visitatore gli strumenti concettuali per comprendere come e perché questo personaggio così controverso formulò la teoria dell’atavismo criminale e quali furono gli errori di metodo scientifico che lo portarono a fondare una scienza poi risultata errata.