Il museo del Tesoro di S. Gennaro trova i suoi spazi espositivi in alcuni ambienti attigui alla Cappella (l'ingresso è all'esterno, a destra della chiesa) e comprendenti tre sagrestie seicentesche con affreschi di Luca Giordano e tele di Massimo Stanzione e del Domenichino. Raccoglie e propone documenti, paramenti, reliquiari, opere e oggetti d'arte sacra estratti dall'ingentissimo e altrettanto celebre Tesoro di S. Gennaro, costituitosi negli ultimi sette secoli.