Fondato nel 1895, il museo è stato riaperto al pubblico nella ricorrenza del centenario, dopo una riorganizzazione che ha permesso di presentare al meglio una collezione articolata su due fronti: le testimonianze della venerazione per S. Antonio nel corso dei secoli, comprendenti ex voto e donazioni di varia natura, e il cospicuo nucleo di opere d'arte che, realizzate per la basilica e il convento del santo, hanno perso la collocazione originaria. Di particolare interesse il settore dedicato all'oreficeria con preziose opere di scuola veneta e tedesca, pale d'altare del Settecento veneto e numerosi tessuti