Inaugurato nel 1952, fu istituito per custodire i numerosi reperti rinvenuti nell'area archeologica di Paestum, famosa per i tre grandiosi templi dorici (la basilica, il tempio di Nettuno e il tempio di Cerere). Fondata dai greci nel VI secolo a.C., colonia latina dal 273 a.C., in età barbarica Paestum fu abbandonata a causa della malaria e fu dimenticata fino ai primi scavi saltuari iniziati alla metà del XVIII secolo.Tra i reperti, si segnalano le metope in arenaria provenienti dal santuario di Hera Argiva presso la foce del Sele (VI-V secolo a.C.) e, da Paestum, statue in terracotta, vasellame ceramico, armature complete e altri utensili in bronzo provenienti da corredi tombali. Notevole la sezione della pittura, con le decorazioni parietali lucane del IV secolo a.C. e le eccezionali lastre della tomba del Tuffatore (prima metà del V secolo a.C.). Di recente è stata aperta una nuova sezione che riguarda Paestum in epoca romana