Tra le molte collezioni presenti, di particolare interesse storico è quella faunistica (oltre 200 esemplari ornitologici e circa 1.000 insetti). Di rilievo anche i reperti mineralogici e geologici per imparare a conoscere il territorio. La collezione paleontologica permette di osservare direttamente reperti fossili di organismi animali e vegetali (ammoniti, trilobiti, due grandi calchi di rettile erbivoro e uno ptserosauro carnivoro). Sono presenti inoltre una ricca collezione malacologica (conchiglie terrestri, di acqua dolce e di mare), una ornitologica, con un vasto campionario di uccelli presenti nella provincia di Foggia, una sezione dedicata ai mammiferi e una alla biologia marina, comprendente un esemplare di squalo-elefante lungo 7,5 m, scheletri e calchi di delfini, tartarughe e acquari