Il museo è nato vicino al borgo di Pratica di Mare per raccogliere reperti e testimonianze della storia dell'antica città, databili tra il X secolo a. C. e l'età romana. Tra le opere esposte in un contesto molto moderno e ricco di elementi multimediali, la statua di Minerva Tritonia Virgo, probabilmente un tempo al centro del maggiore santuario cittadino, una seria di statue votive in terracotta, ornamenti e acconciature femminili. Nello spazio dedicato a Enea, mitico fondatore della città, sono raccolti oggetti del corredo funebre, ritrovati nell'Heroon di Enea (monumento sepolcrale nel quale gli antichi pensavano fosse deposto il mitico personaggio), ma anche la spada, le lance, il coltello sacrificale e numerosi vasi decorati per il vino, grandi spiedi per arrostire la carne. In esposizione è anche la ricostruzione in scala di una nave dell'età del Bronzo