Fondato da Pio IX nel 1854, ebbe sede nel palazzo Apostolico Lateranense fino al 1963 quando, per volere di Giovanni XXIII fu trasferito in Vaticano. Inaugurato nel 1970 nel nuovo edificio fatto costruire da Paolo VI, comprende la più grande raccolta di sarcofagi cristiani del III-V secolo completata con calchi in gesso di opere conservate altrove, e inoltre mosaici, reperti architettonici e materiale epigrafico di particolare importanza. Tra le opere conservate, si segnalano il grande sarcofago Dogmatico (IV secolo), la statua del Buon Pastore (III-IV secolo) e l'iscrizione del cippo di Abercio (II secolo), il più antico documento epigrafico con riferimento all’Eucarestia