Situati nei sotterranei, sono accessibili dalla Corte Ducale il Museo della Preistoria e Protostoria (oggetti provenienti dall’Italia settentrionale dal neolitico all’età del Ferro) e il Museo Egizio, che si articola per nuclei tematici, dalla scrittura alla simbologia sacra del potere (fiore all’occhiello: la statua del faraone Amenemhat III), dalla vita quotidiana ai culti funerari (la mummia e il sarcofago di Peftjauauyaset).