L'istituzione è dedicata a illustrare la storia del popolamento del territorio, a partire dalla sezione paleolitica, incentrata sui ritrovamenti del sito di Lamalunga e sull'Uomo di Altamura. Si susseguono la sezione preistorica e quella arcaica, illustrate attraverso sepolture; quella classica ed ellenistica si segnala, invece, per i reperti ceramici, numismatici e gli ori. La sezione medievale conclude il percorso nel tema del popolamento antico dell'Alta Murgia.