L'accesso al museo è costituito dal portico dei Cavalieri Gerosolimitani. È quanto resta di un complesso monumentale realizzato nel XIV secolo e appartenuto a quell'ordine: a due campate con volte a crociera e arcate ogivali, riecheggia gli stilemi classici dell'architettura svevo-angioina nella bicromia dei conci. Nel museo, riallestito nel 2009, sono conservati i numerosi reperti affiorati dal suolo brindisino. Nella sezione antiquaria i reperti sono presentati in base al materiale: bronzi, ceramiche dal VI al III secolo a.C. (notevoli vasi italioti e attici e trozzelle), vetri, monete, terrecotte architettoniche. Nel livello ipogeo è ospitata la sezione epigrafica e statuaria, con notevoli sculture di età repubblicana e imperiale.<br>Nel primo livello, la sezione preistorica e quella dedicata ai messapi, la misteriosa popolazione che abitò l'attuale Salento a partire dall'VIII secolo a.C. Al plano superiore è raccontata la vicenda di Brindisi romana. Il percorso si conclude con la sezione dedicata all'archeologia subacquea e ai bronzi di punta del Serrone, di età imperiale, rinvenuti nel 1992, raffiguranti il console Lucio Emilio Paolo e un cittadino togato.