Prospiciente il fianco settentrionale della basilica, con accesso dall'arco Vanese, il nuovo museo raccoglie l'eredità e i pezzi del tesoro della basilica di S. Nicola, un tempo sistemato in un ambiente all'inizio della navata destra. Su due piani sono esposti i reperti di maggior interesse legati alle vicende della basilica e alla devozione al santo e più in generale alla città, dall'antichità al XIX secolo: epigrafi, pergamene, codici miniati; e poi smalti, reliquiari, calici e argenti, sculture, icone, dipinti e paramenti sacri.