È un magnifico esempio di architettura militare che risale al periodo della dominazione spagnola sullo Stato dei Presidi. Sono allestite due mostre permanenti, una dedicata ai ritrovamenti di archeologia subacquea, l’altra all’arte dei maestri di ascia capaci di «far navigare il legno». Vi sono raccolti reperti recuperati nei fondali del Giglio e dell’Argentario.