Il museo occupa, all'interno dell'orto botanico, parte delle sale ristrutturate dell'edificio denominato Castello. La sezione di paleobotanica mostra, con l'aiuto di campioni fossili, di immagini e di testi esplicativi, l'evoluzione delle piante terrestri. La sezione di etnobotanica espone esempi dell'utilizzazione di alcune piante presso popolazioni della fascia tropicale. Sono presenti manufatti di origine vegetale provenienti da Amazzonia, Messico, Filippine, Borneo e Sumatra