Il museo, formato a partire dal 1962, conserva reperti provenienti da scavi condotti dall'Università «La Sapienza» nei Paesi del bacino mediterraneo e datati tra il IV millennio e la seconda metà del IV secolo a.C. Nella sezione egizia sono conservati materiali predinastici, del periodo copto e islamico provenienti dall'Egitto e dal Sudan (ceramiche, lucerne, terrecotte, monete, bronzi, utensili, frammenti architettonici, stele, corredi funerari ecc.). Si segnalano la stele funeraria proveniente da Akhmim (circa 2100 a.C.), la tavoletta cuneiforme proveniente da Ebla (circa 2300 a.C.) e il vaso fenicio rinvenuto nella necropoli di Akzi (VIII secolo a.C.). La sezione orientale raccoglie oggetti provenienti da Palestina e Siria, tra i quali frammenti architettonici rinvenuti durante gli scavi dell'area archeologica di Ramat Rahel e la collezione di ceramiche proveniente da Tell Mardikh, Ebla