Ubicato nel palazzo di San Giovanni, il museo universitario raccoglie importanti reperti, tra cui la mummia egizia del IV millennio a.C. di una donna morta per inversione uterina post partum e lo Zemi precolombiano, unico esempio conosciuto di un idolo delle popolazioni caraibiche Taino. Il museo possiede anche calchi delle incisioni rupestri della Valcamonica e lastre fotografiche sulle campagne di scavo in Egitto e in Congo. Possiede collezioni antropologiche di alto valore scientifico come quella egiziana e 18 collezioni etnografiche in rappresentanza di diverse culture