Inaugurato nel giugno 2007, il museo è allestito nell'ex complesso ecclesiastico dei Ss. Quirico e Lucia all'Ambrogiana, nei pressi dell'omonima Villa medicea. Espone materiali archeologici provenienti dal territorio di Montelupo e dai comuni limitrofi, risalenti all'età paleolitica fino al basso medioevo. Si segnalano i reperti provenienti dall'abitato etrusco di Montereggi e dallo scavo della Villa romana del Vergigno. Tra gli oggetti di rilievo, il cippo miliare della via Quinctia (123 a.C.), la strada romana che collegava Fiesole a Pisa