La Sala archeologica raccoglie i materiali archeologici provenienti dal territorio di Cotignola relativi al periodo romano, fra cui anfore, stele e frammenti lapidei e quelli pertinenti al periodo bassomedievale e rinascimentale, provenienti dallo scavo della Torre d’Acuto. L'Area funeraria Caio Vario Liberto comprende un monumento archeologico di grande interesse storico ed epigrafico della prima metà del I secolo d.C.: la stele funeraria di Caio Vario, rinvenuta nel 1817; vi sono riprodotti i ritratti delle persone che componevano la famiglia dei Varii con iscrizioni dedicatorie. È esposta inoltre un’epigrafe della fine del I secolo d.C. in cui è riportato il nome del defunto: Caio Refruno Severo. Infine, interrata come doveva essere in origine, una tomba "alla cappuccina" rinvenuta nel territorio di Cotignola