Il nucleo espositivo è composto da una mostra malacologica permanente che raccoglie la collezione Rotolo, ricca di circa 6.000 conchiglie di varia provenienza (ne sono esposte 1.500), che ne fa la più grande mostra nel suo genere a sud di Roma. Si può accedere, inoltre, a una sezione archeologica che accoglie reperti rinvenuti a Menfi, nelle acque di Porto Palo e nell'entroterra