La collezione presente nel Museo del Cristallo, unica in tutta Italia, si trova nell'area antica della vetreria Boschi e rappresenta la storia della produzione vetraria locale che fin dall’Ottocento ha caratterizzato l’economia di Colle di Val d’Elsa. Il percorso parte dal racconto dell'apertura della prima fabbrica di cristallo del vetraio Francesco Mathis e mediante pannelli didattici, strumenti e video si immerge nella produzione del vetro e del cristallo descrivendo anche le persone e gli stabilimenti che hanno fatto parte del processo di sviluppo. Vi è anche una sezione dedicata alla realizzazione del cristallo di stile contemporaneo con preziosi capolavori del design e prestigiosi lavori di incisione o molatura operati dagli artisti del cristallo che ancora oggi lavorano a pieno ritmo in città.