Fondata nel 1366, la Certosa – conosciuta anche come Certosa di Pisa – fu ampliata nella seconda metà del ’400, e subì cospicui rifacimenti tra ’600 e ’700. Il Museo tutela tutti i suoi edifici e alcuni ambienti interessanti dal punto di vista storico-documentario, come la farmacia o le abitazioni dei monaci attorno al chiostro grande seicentesco. Ogni cella è concepita come unità abitativa individuale, con più stanze e un giardino.<br>Oltre alla quadreria, sono notevoli soprattutto la Foresteria granducale con stucchi e affreschi, il chiostrino priorale seicentesco, il quattrocentesco chiostrino capitolare, il refettorio – con affreschi settecenteschi e con un’Ultima Cena di Bernardino Poccetti (1597) – e il chiostro grande, un tempo cimitero della Certosa.<br>Sulla corte d’onore si affaccia il prospetto barocco della chiesa, decorato da statue allegoriche. Il ricco interno, a navata unica con un tramezzo di marmi policromi, ha le pareti decorate di affreschi settecenteschi (storie della Bibbia) di Giuseppe e Pietro Rolli; altri affreschi, del certosino lucchese Stefano Cassiani (1685), sono nella cupola. Sul fianco sinistro si trova una serie di cappelle per le messe quotidiane di ogni monaco: nella cappella di S. Brunone, il santo è raffigurato in una tela di Jacopo Vignali, (1623-1626); nella cappella del Rosario, pala d’altare di Giuseppe Maria Terreni (1794).<br>La Certosa ospita anche il Museo di Storia naturale dell’Università di Pisa, erede della Galleria fondata nel 1591 da Ferdinando I de’ Medici. Il nucleo originario delle collezioni è cresciuto nel tempo, soprattutto nel corso dell’800, fino a disporre di circa duecentomila pezzi che testimoniano di quattro secoli di ricerca naturalistica. Sono importanti i settori zoologici, mineralogici, paleontologici e la collezione di scheletri cetacei, allestiti in un loggiato lungo 120 metri con vista sul verde dei giardini.