Il museo ospita una collezione francescana che illustra la storia del francescanesimo nel corso dei secoli. L'opera più antica è una tavola d’anonimo del XIII secolo raffigurante S. Francesco su fondo oro. Sono inoltre esposti dipinti del XV secolo fra cui S. Bernadino da Siena di Sano di Pietro e parte di un polittico del 1489 di scuola anconetana; opere di Ludovico Brea, del fiammingo Paolo Brill (Stigmatzzazione di S. Francesco, 1593), di Ludovico e Annibale Carracci (rispettivamente S. Francesco ai piedi della croce, 1573, e S. Francesco in meditazione, fine XVI secolo), di Alessandro Magnasco, Ludovico Cardi, Sebastiano Conca, Matteo Cerezo, Gerrii van Honthorst, detto Gherardo delle Notti; di artisti contemporanei quali Giorgio Szoldatics e Oscar Marziali. Sono inoltre conservate incisioni del XVI-XIX secolo, disegni, miniature, smalti di Limoges, merletti, medaglie e sigilli, ceramiche, fra cui vasi di farmacia, piatti e tazze da refettorio del XVI-XVIII secolo