Istituito nel 1938, ma inaugurato nel 1954 all'interno dell'istituto di Storia della Medicina dal professor Adalberto Pazzini, il museo raccoglie circa 10.000 reperti originali, per la maggior parte provenienti dalla collezione ceduta nel 1947 dal tenore Evan Gorga. Il percorso museale è strutturato in modo da ricostruire l'evoluzione del pensiero medico occidentale dalle origini ai giorni nostri, attraverso l'esposizione di reperti umani paleopatologici, amuleti, ex voto e ferri chirurgici di epoca romana, strumenti medico-terapeutici, e supporti audiovisivi e multimediali integrativi. Nel piano seminterrrato gli ambienti sono stati adibiti alla ricostruzione di un laboratorio alchemico, di una spezieria e di una collezione di strumenti di igiene, mentre altre due sale raccolgono, rispettivamente, una collezione di vasi di farmacia e una di reperti votivi