L'allestimento propone una sorta di 'passeggiata archeologica' per tutto il Salento, con l'esposizione di materiali diversi ordinati per tipologia e provenienza.<br>La visita inizia salendo per una rampa che introduce alla preistoria nel Salento con pannelli esplicativi delle varie tecniche e riproduzioni sperimentali dei manufatti. I primi spazi della sezione accolgono materiali rinvenuti in alcune grotte del territorio salentino.<br>La prima parte del percorso museale si conclude con uno spazio dedicato a Otranto, con reperti riferibili alla tarda età del Bronzo. Al primo piano è ordinato l'antiquarium, che accoglie per classi di appartenenza i materiali delle più antiche collezioni e di cui spesso non si conosce la provenienza.<br>L'esposizione segue quindi un criterio per grandi temi – la casa, la musica, il simposio, la religione, la sepoltura - e per classi di appartenenza, con importanti raccolte di vasi attici a figure rosse (V secolo a.C.), protoitalioti con scene sportive o mitologiche(fine V-metà IV secolo a.C.) e àpuli (IV secolo a.C.) a figure rosse. Meritano attenzione anche la ricca collezione di ceramiche messapiche, con numerose 'trozzeile', tipiche anfore dai manici a disco decorate da motivi geometrici e vegetali, e alcuni bellissimi vasi nel cosiddetto stile di Gnathia. Le raccolte dell'antiquarium comprendono anche terrecotte locali e tarantine, bronzi (con elmi funerari messapici) e iscrizioni messapiche, romane e bizantine nonché una sezione numismatica.<br>Una rampa scende di nuovo al pianterreno, dove la sezione topografica ordina i materiali secondo la provenienza. In un 'percorso virtuale' da Lecce a Leuca, i reperti sono disposti per corredi tombali o unità didattiche a illustrare singolarmente i diversi siti di provenienza. La 'passeggiata archeologica' prende le mosse da Lupiae (l'antica Lecce).<br>Nel vasto emiciclo che conclude la visita di questa sezione sono raccolte testimonianze di altri siti archeologici del Salento: Vaste (bellissima una cariatide in pietra leccese), Copertino (ripostiglio di asce in bronzo), Ruffano, Alezio, Ugento, Leuca.<br>Tre ambienti ancora al pianterreno ospitano la sezione medievale della Pinacoteca e le raccolte d'arte del museo. Le opere esposte nella prima sala suggeriscono idealmente un 'confronto' tra Oriente e Occidente alla fine del medioevo, mettendo in luce gli influssi bizantini e veneziani nel patrimonio artistico leccese. Tra le opere esposte meritano particolare attenzione due notevoli polittici (uno della scuola dei Vivarini, l'altro di Paolo Veneziano), una tavola di Jacobello del Fiore e un gruppo di icone del XVI secolo. Oltre a dipinti su tavola e antiche icone, sono esposti frammenti architettonici provenienti da demolizioni operate in città tra '800 e '900. Tra le altre opere esposte, una Croce d'altare in legno intagliato (XV secolo), una copertura di evangeliario in smalto realizzata nel XIII secolo dall'abbazia di S. Nicola di Càsole, un David che legge i salmi, scultura in pietra locale di Gabriele Riccardi (XVI secolo).<br>Si sale al terzo piano dove è allestita la seconda sezione della Pinacoteca, dedicata alla pittura dei secoli XVII e XVIII, con opere di artisti locali (Antonio Verrio, Oronzo Tiso) e numerose presenze napoletane (Pacecco de Rosa, Paolo Finoglio, Andrea Vaccaro, Francesco de Mura, Corrado Giaquinto ). Nelle vetrine al centro della sala sono esposte ceramiche dei castelli d'Abruzzo (XVII-XVIII secolo), vetri veneziani (XVII-XVIII secolo), ceramiche salentine e italiane (Caltagirone, Capodimonte, Monte Cerreto), avori, parati e arredi sacri di età barocca. Un'altra sala è dedicata all'800 e al '900 nel Salento.