Riallestito nel 2001 nella nuova sede, il museo propone un percorso espositivo articolato in quattro sezioni dove è possibile ammirare, tra gli altri, frammenti di un'ulna e tibia di Homo erectus e resti di ossa di Elephas antiquus e di Bos primigenius, oltre a reperti archeologici di varie epoche. Significativa la quarta sezione, dove è esposto soprattutto il materiale paleontologico (faune, manufatti e resti umani) proveniente dal giacimento preistorico di Cava Pompi