La collezione del museo è formata da materiali archeologici rinvenuti negli ultimi anni a seguito delle ricerche condotte nella città antica, nella necropoli e nei centri indigeni dell'immediato retroterra. Il percorso espositivo è cronologico e pone l'attenzione sulle fasi che precedono la fondazione della colonia (VII secolo a.C.) con i complessi funerari enotri dell'età del Ferro e con le raffinate ceramiche italomicenee. Di particolare interesse risultano la raccolta di oggetti votivi e i rivestimenti architettonici dei sacelli, una testa di divinità femminile e una testa maschile di giovane atleta entrambe in marmo, ceramiche di uso quotidiano e contenitori da trasporto di produzione orientale, a conferma della funzione portuale mantenuta dalla foce del fiume