Aperto al pubblico nel 1873, dal 1960 ha sede nel palazzo Visconteo della Cittadella. Trae origine da alcune collezioni didattiche organizzate tra il 1860 e il 1870 da insegnanti del locale Istituto tecnico. Le raccolte comprendono sezioni di zoologia (vertebrati e invertebrati), paleontologia, mineralogia e geologia. Spiccano la ricostruzione in grandezza naturale di un mammuth, lo scheletro di un allosauro e tre esemplari di rettili volanti di 220 milioni d'anni fa. Nella nuova sezione etnografica Aldo Perolari sono esposti manufatti e oggetti di grande rilevanza artistica e rituale di culture tradizionali del continente africano e americano. Il percorso sensoriale "a occhi chiusi in museo", fruibile anche dal pubblico non vedente, permette di toccare i reperti, ascoltare suoni della natura, sperimentare, disegnare e leggere