Il museo fu istituito nel 1911 per raccogliere i materiali residuati dalle mostre retrospettive dell'Esposizione Internazionale di Roma, ai quali si aggiunsero poi raccolte private. Riconosciuto ente morale nel 1912, è ospitato da allora presso l'Ospedale di S. Spirito in Sassia, la più antica istituzione ospedaliera della città, funzionante già all'inizio del Duecento per la cura degli infermi, dell'infanzia abbandonata e dei poveri. Comprende una collezione di bellissimi vasi da farmacia, strumenti chirurgici arabi e romani, modelli in cera per lo studio degli organi umani eseguiti dallo scultore Giovan Battista Manfredini, collezioni di strumenti chirurgici per ostetrici e dentisti, talismani, antichi microscopi, quadri di anatomia e sette tavole anatomiche eseguite sotto la direzione di Paolo Mascagni, oltre alla ricostruzione dell'antica farmacia e del laboratorio alchemico