È la quarta e ultima sede (inaugurata nel 2000) del Museo nazionale Romano, istituito nel 1889 con reperti rinvenuti dopo il 1870 presso le Terme di Diocleziano. Negli scavi tra via delle Botteghe Oscure e via Caetani sono venuti alla luce resti dall'età antica (qui sorgeva il teatro eretto nel 13 a.C. da Lucio Cornelio Balbo) al medioevo, al rinascimento, fino all'età moderna. Oltre ai reperti degli scavi in sede (visitabili con guida il sabato e la domenica), nella Crypta sono esposte le antichità altomedievali della Crypta stessa e della città. Interessante la nuova ala dei sotterranei.