Il museo, che ha sede nella villa costruita da Bartolomeo Ammannati, Giorgio Vasari e Vignola (1551-1555) su commissione di Giulio III, fu fondato nel 1889 per raccogliere il materiale archeologico preromano del Lazio, dell'Etruria meridionale e dell'Umbria. I reperti sono esposti secondo un criterio topografico, in sezioni dedicate ai centri etruschi più importanti: Vulci, Veio, Caere (Cerveteri), Pyrgi, Todi e Praeneste (Palestrina). Si segnalano Herakles in lotta con Apollo (fine del VI secolo a.C.), capolavoro della scultura etrusca proveniente dal santuario di Portonaccio a Veio; il Sarcofago degli Sposi (seconda metà VI secolo a.C.), dalla necropoli della Banditaccia presso Cerveteri; la cista Ficoroni (seconda metà IV secolo a.C.), da Palestrina; le lamine d'oro con iscrizione in lingua etrusca e punica, da Pyrgi; l'olpe Chigi (640-625 a.C.); i corredi funerari dalle tombe Barberini e Bernardini di Praeneste. Ospita, inoltre, la collezione Castellani, ricca di ceramiche, bronzi e oggetti d'oreficeria.