Fondato nel 1932 nell'area di villa Borghese, il museo ospita collezioni che risalgono ai primi decenni dell'Ottocento. Il primo nucleo di reperti, costituito dalle collezioni dell'allora Regia Università di Roma, è stato incrementato successivamente da donazioni pubbliche e private. Attualmente la raccolta, divisa in varie sezioni (entomologica, malacologica, ornitologica, osteologica e dei mammiferi), comprende un patrimonio naturalistico di circa cinque milioni di esemplari. Tra le più importanti collezioni conservate la Arrigoni degli Oddi, di uccelli europei, e la raccolta di mammiferi, in ossa e in pelle. Nuove esposizioni sono dedicate al tema della biodiversità e strutturate secondo moderni criteri museologici con postazioni informatiche e interattive. Di notevole impatto è la sala degli Scheletri, posta alla fine del percorso guidato