La collezione, raccolta alla fine dell'Ottocento dal barone Giovanni Barracco e donata alla città nel 1904, è conservata dal 1948 nel cinquecentesco palazzo Le Roy, noto anche come Farnesina ai Baullari o Piccola Farnesina. Il museo documenta l'arte delle più importanti civiltà del Mediterraneo. Comprende opere egizie (Sfinge della regina Hatshepsut con cartiglio di Thutmosis III, 1504-1450 a.C., la testa di Ramses II, e il frammento in calcare di Nefer, III dinastia), sumere, assire, cipriote, greche (testa dell'Apollo di Cassel, copia da Fidia, Atleta che s'incorona e testa del Diadumenos, repliche da Policleto, testa di Marsia da Mirone, Cagna ferita da Lisippo e testa dell'Apollo Liceo della cerchia di Prassitele), etrusche (cippi da Chiusi, testa femminile da Bolsena) e romane (testina di bambino). È visibile inoltre una serie di rilievi proveniente dai palazzi reali assiri di Nimrud e Ninive.