Il museo, comprendente un parco archeologico coperto di 1.500 mq, è esteso su due piani; contiene reperti vari (greco-romani, paleocristiani) rinvenuti durante gli scavi, diverso materiale ceramico dal medioevo al XVIII secolo, suppellettili, ex voto d'argento ischitani e figurine per il presepe. Tra i reperti più interessanti si segnala una lucerna fittile del IV secolo con una rara raffigurazione cristiana (due personaggi reggenti una sbarra da cui pende un grappolo d'uva), che ha permesso di distinguere la necropoli cristiana da quella pagana.