È sistemato all'interno della secentesca torre di avvistamento fatta costruire nel 1671 dal viceré Claudio Lamoraldo, principe di Ligny, in un lembo di terra detto isola Colombaia; nasce nel 1979 come museo di preistoria, cui nel 1997 si è aggiunta una sezione di archeologia marina. Tra il materiale esposto, si segnalano le numerose anfore puniche, greche, egizie e spagnole ritrovate nel canale di Sicilia e un elmo probabilmente del 241 a.C., anno conclusivo della prima guerra punica