Occupa parte del Palazzo Vescovile a sinistra della chiesa (ma è in attesa di trasferimento nell'ex Seminario Vescovile, annesso a S. Francesco): ospita un'eterogenea collezione di reperti archeologici, argenterie, sculture (notevole un Presepe, forse di Stefano da Putignano), dipinti e affreschi staccati dal medioevo al '900.