Il museo comprende una sezione speleo-archeologica ed una agro-ambientale. La collezione speleo-archeologica illustra i fenomeni del carsismo e l’ambiente delle grotte con materiale multimediale e allestimenti interattivi,ed espone i ritrovamenti archeologici del sito delle Grotte dell’Angelo a Pertosa, che rappresenta il più famoso sito palafitticolo in grotta d’Europa. La sezione agro-ambientale del museo comprende collezioni di piante vive, erbari storici e contemporanei, collezioni di suoli, semi, legni, bulbi, con materiali multimediali sugli ambienti del Parco del Cilento e Vallo di Diano