Fondata nel 1795 da Giacomo Carrara, ha sede nel neoclassico palazzo dell’Accademia ed è per qualità e articolazione culturale una delle più ricche d’Italia. Comprende oltre 1500 dipinti in particolare di scuola veneta e lombarda dal XV al XIX secolo, raccolte di disegni e stampe e collezioni minori (bronzetti, porcellane, medaglie, sculture). Il primo piano è dedicato alle opere del XV secolo, mentre il secondo copre il periodo dal XVI al XIX secolo. In pieno Quattrocento, la raffinata atmosfera del gotico internazionale resta viva nelle carte da tarocco miniate da Bonifacio Bembo per Filippo Maria Visconti, mentre nel Martirio di S. Lucia e in S. Apollonia di Antonio Vivarini affiorano le prime aperture umanistiche padovane. Analogamente tra i toscani si confrontano il ritratto di Lionello d’Este del Pisanello e il celebre ritratto di Giuliano de’ Medici di Sandro Botticelli. La pittura veneta è protagonista con i dipinti di Giovanni Bellini. Spiccano un’altra Madonna col Bambino di Andrea Mantegna e inoltre la Natività di Maria di Vittore Carpaccio, il S. Sebastiano attribuito ad Antonello da Messina e una Madonna col Bambino di Carlo Crivelli. Importante il nucleo di opere di scuola lombarda, in particolare I tre crocifissi di Vincenzo Foppa (1456) e, del Bergognone, Incontro di S. Ambrogio e Teodosio e Madonna del Latte. Tra le opere del Cinquecento italiano particolare significato assumono quelle di Lorenzo Lotto nel suo periodo bergamasco. Ai dipinti veneziani - Orfeo ed Euridice del giovane Tiziano, Gerolamo Venier di Tintoretto, S. Francesco stimmatizzato di El Greco - si affianca un nucleo di dipinti di Raffaello, Pinturicchio, Perugino. Tra i pittori lombardi leonardeschi spicca Giovanni Antonio Boltraffio (Madonna del Latte), tra le tavolette di scuola bresciana un Cristo e la Samaritana del Moretto; ampia e intensa la rassegna dei ritratti del pittore bergamasco Giovanni Battista Moroni. Nel Seicento italiano prevalgono gli artisti di area bergamasca e milanese (tra gli altri, Carlo Ceresa, Cerano, Morazzone, Giulio Cesare Procaccini). Speciale risalto hanno i generi della natura morta, con la serie di strumenti musicali del bergamasco Evaristo Baschenis, e - a cavallo col secolo seguente - la ritrattistica con l’occhio impietoso del bergamasco fra Galgario che si posa sui nobili della provincia. La grande maniera barocca fiamminga e olandese ha in Peter Paul Rubens (S. Domitilla) e Jan Thomas van Yperen (Piramo e Tisbe) i suoi ‘campioni’. Il Settecento italiano è rappresentato principalmente dalla pittura paesaggistica, che culmina nei capolavori del vedutismo veneziano: Porto di mare di Luca Carlevarijs, Piazza S. Marco, Atrio di villa con scala e Il Rio dei Mendicanti di Francesco Guardi, Canal Grande del Canaletto, l’Arco di Tito di Bernardo Bellotto. L'Ottocento italiano segue due filoni principali: la ritrattistica, che al gusto neoclassico dell'idealizzazione del personaggio preferisce quello romantico che predilige il dato naturalistico, e la pittura di storia, che abbandona i soggetti religiosi per affrontare quelli letterari e legati alla contemporaneità, come la Caterina Cornaro di Francesco Hayez.