Il museo conserva il Tesoro della basilica di S. Giovanni in Laterano, la cattedrale di Roma. Si tratta di un ricco complesso di arredi liturgici costituitosi nel corso dei secoli e solo recentemente esposto al pubblico. Si segnalano il reliquiario del cilicio della Maddalena, in argento e oro dorato, della seconda metà del XV secolo, la tazza detta di S. Giovanni, risalente al V secolo, e il piviale detto di S. Silvestro.