Si può considerare data di fondazione dei Musei Vaticani il 1506, anno in cui papa Giulio II fece riunire diverse sculture antiche (tra cui il gruppo del Laocoonte e l’Apollo detto del Belvedere) nel Cortile delle Statue, parte del Palazzetto del Belvedere costruito da Innocenzo VIII. In seguito, presso la Biblioteca Apostolica Vaticana, fondata da Sisto IV nel 1475, vennero raccolte le testimonianze dell’arte cristiana antica che diedero origine al Museo Sacro (1756) e quelle dell’arte classica, che confluirono nel Museo Profano (1767). La responsabilità di raccogliere e proteggere tale patrimonio artistico indusse i papi, da Clemente XIV a Pio VII alla costituzione di vari musei, collocati nel Palazzetto del Belvedere e nelle Gallerie che lo collegano al palazzo Apostolico Vaticano: il Museo Pio Clementino (1793), il Museo Chiaramonti (1808), la Galleria lapidaria (1810), il Braccio Nuovo (1822). Anche Gregorio XVI e Pio IX furono sensibili verso l’arte e sorsero così il Museo Gregoriano Etrusco (1837), la Galleria degli Arazzi (1838), il Museo Gregoriano Egizio (1839), il museo Gregoriano Profano (1844), il Museo Pio Cristiano (1854), a cui Pio X aggiunse nel 1910 il Lapidario Ebraico. Queste ultime raccolte furono collocate nel Palazzo Apostolico Lateranense e in seguito trasferite in Vaticano e dal 1970 allestite in un edificio costruito appositamente. Nel XX secolo sono stati istituiti il Pontificio Museo Missionario Etnologico (1926) e la nuova sede della Pinacoteca (1932). Per espresso desiderio di Paolo VI viene istituita la Collezione d’Arte Religiosa Moderna (1973); quindi è inaugurato il Museo Storico Vaticano (1991) che ha sede nel palazzo Apostolico Lateranense, cui appartiene il Padiglione delle Carrozze che invece è in Vaticano. Nell’appartamento di S. Pio V sono allestite le Collezioni di Ceramiche Medievali e Rinascimentali e di Mosaici Minuti (1997).