Il museo, che ha sede nel Vittoriano, custodisce le bandiere di guerra dei reparti disciolti, delle unità navali andate in disarmo e quelle degli istituti militari e delle unità appartenenti ai Corpi armati dello Stato disciolte. Nella sezione della Marina militare sono conservati anche il MAS 15 con il quale l'ammiraglio Luigi Rizzo affondò il 10 giugno 1918 la corazzata S. Stefano, il "maiale" usato da Tesei e Visentini durante la seconda guerra mondiale e parte dello scafo del sommergibile Sciré